La integración de redes con la genómica (genómica de redes) es un campo familiar. El análisis de redes convencional aprovecha la mayor cobertura y la relativa estabilidad de las mediciones de expresión génica. La proteómica de redes, por otro lado, debe desarrollarse más en dos factores críticos: (1) cobertura de datos ampliada y consistencia, y (2) bibliotecas de redes de referencia adecuadas, y la minería de datos a partir de ellas. En cuanto a (1), discutimos varios temas contemporáneos que pueden mejorar la calidad de los datos, lo que a su vez impulsará el resultado del análisis de redes posterior. Para (2), nos centramos en los desarrollos del análisis de redes, específicamente, la necesidad de redes específicas del contexto y consideraciones esenciales para el análisis de redes localizadas.