Las enfermedades del enano y del carbón común del trigo son causadas por Kühn y Kühn, respectivamente, y las pérdidas causadas por estas enfermedades pueden alcanzar el 70-80% en condiciones favorables. Son patógenos fúngicos que pertenecen a los hongos de carbón basidiomicetos. Para iluminar las diferencias proteómicas de las espigas de trigo después de la infección, se utilizó la técnica de etiquetas isobáricas para cuantificación relativa y absoluta (iTRAQ) para una mejor clarificación. Se detectaron un total de 4553 proteínas de manera diferencial después de la infección; 4100 estaban reguladas al alza y 453 estaban reguladas a la baja. Después de la infección, se detectaron 804 proteínas expresadas diferencialmente; 447 estaban reguladas al alza y 357 estaban reguladas a la baja. Un análisis de datos en profundidad reveló que 44, 50 y 82 proteínas después de la infección y 9, 6 y 16 proteínas después de la infección fueron expresadas diferencialmente, que son proteínas antioxidantes, de interacción planta-patógeno y de glutatión, respectivamente, y 9 proteínas mostraron resultados consistentes con PRM. Se identificaron las 20 principales vías de enriquecimiento de KEGG después de la infección por patógenos. Sobre la base de la ontología genética, las proteínas reguladas al alza estaban vinculadas con el proceso metabólico, la actividad catalítica, la actividad de transferasa, la membrana fotosintética, la región extracelular y la actividad oxidoreductasa. Los resultados ampliaron nuestra comprensión del proteoma en las espigas de trigo en respuesta a la infección y proporcionan una base para una investigación adicional para mejorar el mecanismo de defensa de los cultivos de trigo.