El cáncer de colon es una de las malignidades más letales en todo el mundo. Se ha encontrado que la berberina ejerce una actividad potencial anti-cáncer de colon in vitro e in vivo, aunque el mecanismo regulador detallado aún no está claro. Este estudio tiene como objetivo identificar las proteínas cruciales subyacentes y las redes regulatorias asociadas con el tratamiento de cáncer de colon con berberina utilizando proteómica, así como datos de transcriptómica y arreglos de tejidos disponibles públicamente. El perfil proteómico de las células de cáncer de colon tratadas con berberina demostró que entre 5130 proteínas identificadas, la expresión de 865 y 675 proteínas cambió en las células HCT116 y DLD1 tratadas con berberina, respectivamente. Además, 54 proteínas expresadas de manera diferente que se superpusieron en ambas líneas celulares estaban principalmente involucradas en la síntesis de proteínas mitocondriales, movilización de calcio y metabolismo de vitaminas liposolubles. Finalmente, la GTPasa ERAL1 y las proteínas ribosomales mitocondriales, incluyendo MRPL11, 15, 30, 37, 40 y 52, fueron identificadas como proteínas clave de las células de cáncer de colon tratadas con berberina. Estas proteínas tienen niveles transcripcionales y traduccionales más altos en muestras de tumores de colon que en muestras normales de colon, y fueron significativamente reguladas a la baja en las células de cáncer de colon tratadas con berberina. El análisis de dependencia genética mostró que el silenciamiento de la expresión génica de siete proteínas clave podría inhibir la proliferación de células de cáncer de colon. Este estudio arroja luz sobre la elucidación de las vías de señalización regulatorias relacionadas con la berberina en el cáncer de colon y sugiere que ERAL1 y varias proteínas ribosomales mitocondriales podrían ser objetivos terapéuticos prometedores para el cáncer de colon.