La estimación precisa de las pérdidas endógenas basales (BEL) de aminoácidos en el íleon es indispensable para mejorar la eficiencia de utilización de nutrientes. Este estudio utilizó un enfoque proteómico cuantitativo para identificar variaciones en las BEL en el digesto ileal de cerdos en crecimiento alimentados con una dieta libre de nitrógeno (NFD) o una dieta de caseína (CAS). Ocho cerdos machos (39.8 +/- 6.3 kg de peso corporal inicial (BW)) fueron asignados aleatoriamente a un diseño cruzado 2 x 2. Se identificaron y cuantificaron un total de 348 proteínas en ambos tratamientos, de las cuales 101 mostraron una abundancia diferencial significativa entre los tratamientos (< 0.05). Los análisis de enriquecimiento funcional y de vías revelaron que las proteínas endógenas estaban asociadas con la función metabólica intestinal. Además, las proteínas diferencialmente abundantes (DAPs) en el digesto de cerdos alimentados con la NFD enriquecieron términos y vías que sugieren inflamación intestinal, la activación de la defensa antimicrobiana innata del huésped, un aumento en la autofagia celular y el recambio epitelial, y una reducción en la síntesis de secreciones pancreáticas e intestinales. Estos hallazgos sugieren que las dietas de caseína pueden proporcionar una estimación más precisa de las BEL porque promueven secreciones gastrointestinales normales. En general, los análisis proteómicos y bioinformáticos proporcionaron valiosas perspectivas sobre la composición de proteínas endógenas en el digesto ileal y su relación con las funciones, procesos y vías modificadas por la composición de la dieta.