La enfermedad del Huanglongbing (HLB) es grave para la industria de los cítricos. Estudios anteriores mostraron que la ampicilina (Amp) puede reducir los títulos del patógeno que causa el HLB y la bacteria Liberibacter asiaticus (CLas) en cítricos afectados por el HLB. CLas aún no ha sido cultivado, por lo que los mecanismos de la Amp contra CLas no están claros. Algunos productos químicos demostraron activar los sistemas de defensa de los cítricos contra CLas. Por lo tanto, hipotetizamos que la Amp puede inducir defensas cítricas contra CLas. Aquí aplicamos tres nanoformulaciones de diferentes tamaños de gotas a cítricos afectados por el HLB para lograr diferentes concentraciones acumuladas de Amp (alta, media, baja) en las plantas. Luego utilizamos RNA-seq para analizar la inducción de la expresión génica de los sistemas de defensa de los cítricos contra CLas en respuesta a diferentes concentraciones de Amp. Los resultados indicaron que todas las concentraciones acumuladas de Amp pueden suprimir significativamente el título de CLas y mitigar los síntomas del HLB. Los análisis transcriptómicos mostraron que el tratamiento con Amp indujo la expresión de proteínas de choque térmico (Hsps) en cítricos afectados por el HLB, y estas Hsps estaban significativamente relacionadas con varios genes de defensa que codifican proteínas R, factores de transcripción, factores de empalme, proteínas de unión a ARN, ARN polimerasa dependiente de ARN, metiltransferasa de ácido giberélico 2, L-ascorbato peroxidasa 2 y sintasa de ferruginol que confieren tolerancia a CLas en las plantas cítricas. En conjunto, estos resultados sugieren que el tratamiento con Amp en plantas cítricas puede desencadenar la expresión de Hsps y genes de defensa relacionados para responder a la infección por CLas. Estos hallazgos son valiosos para desarrollar estrategias novedosas para combatir el HLB de los cítricos.