La sobrepesca y la contaminación han llevado a la degradación del hábitat marino, y como resultado, las pesquerías marinas están en declive. En consecuencia, hay una necesidad real de mejorar los ecosistemas marinos mientras se detiene el declive de las poblaciones de peces y se fomenta la pesca artesanal. En estas circunstancias, los arrecifes artificiales (AR) han surgido como una opción prometedora. Sin embargo, su rendimiento se evalúa tradicionalmente años después de la instalación, a través de observaciones experimentales y de campo. Ahora es necesario adoptar un enfoque alternativo, adaptando el diseño de los arrecifes artificiales a las características específicas del ecosistema que se desea mejorar. De esta manera, será posible determinar los posibles impactos positivos de los AR antes de su instalación. Este documento presenta un marco conceptual general e integrado para ayudar en el diseño de unidades de AR adoptando una perspectiva de ecología de ecosistemas (EE). Consiste en tres partes principales. En la primera, partiendo de una geometría inicial, se utilizan principios de EE para incluir modificaciones con el objetivo de mejorar los caminos de recursos autotróficos (sustratos adicionales y aumento de la circulación de nutrientes) y llevar a una mejora del hábitat (más refugio para los individuos). La segunda parte del marco es un nuevo índice adimensional que permite al usuario seleccionar el mejor diseño de unidad de AR entre diferentes alternativas. Se consideran los impactos potenciales en el ecosistema en términos de energía, ciclo de nutrientes y refugio para tal propósito. Finalmente, se propone una metodología hidrodinámica general para estudiar la estabilidad del diseño de unidad de AR seleccionado, considerando el efecto de altas olas bajo tormentas severas. El marco se aplica a través de un estudio de caso para los estuarios gallegos.