La perennización de cultivos ha atraído recientemente la atención global debido a su papel en la agricultura sostenible. Sin embargo, aún falta información detallada sobre las características regenerativas del arroz perenne y los mecanismos fisiológicos en sistemas de raleo de arroz con diferentes alturas de rastrojo. Además, la respuesta de las fitohormonas a las diferentes alturas de rastrojo y cómo esta respuesta influye en las características regenerativas del arroz de raleo sigue estando poco documentada. Aquí, exploramos las características regenerativas y los mecanismos fisiológicos de un arroz híbrido anual, AR2640, y un arroz perenne, PR25, sometidos a diferentes alturas de rastrojo (5, 10 y 15 cm). También se investigó la respuesta de las fitohormonas a las diferentes alturas de rastrojo y cómo esta respuesta influye en las características regenerativas del arroz de raleo. Los resultados muestran que PR25 invernó con éxito y produjo el mayor rendimiento, especialmente en la segunda temporada de raleo, principalmente debido a su duración de crecimiento prolongada, mayor número de tallos madre, macollas en los nodos basales, mayor número de panojas efectivas y mayor peso de grano cuando se sometió a alturas de rastrojo más bajas. Un análisis adicional reveló que PR25 exhibió una tasa de regeneración más alta desde los nodos de posición inferior en el tallo con alturas de rastrojo más bajas. Esto se debió principalmente a los mayores contenidos de fitohormonas, especialmente auxina (IAA) y giberelina (GA) en una etapa temprana y ácido abscísico (ABA) en una etapa posterior después de la cosecha del cultivo principal. Nuestros hallazgos revelan cómo el arroz de raleo mejora el rendimiento en función de las diferentes alturas de rastrojo, lo que proporciona información valiosa y sirve como referencias cruciales para profundizar en el cultivo de arroz perenne de alto rendimiento.