El nexo entre la alimentación y la biodiversidad es un concepto que define y caracteriza las complejas interacciones entre los sistemas agrícolas y la conservación de la biodiversidad. Aquí utilizamos un enfoque de sistemas socioecológicos que combina mapeo cognitivo difuso y análisis teóricos de grafos para descubrir las propiedades del sistema que determinan la seguridad alimentaria y los resultados de biodiversidad a escala de paisaje. Estudiamos un sistema agrícola basado en arroz situado en el distrito de Mbeliling en Flores Occidental, Indonesia. Se creó una representación gráfica del nexo entre la alimentación y la biodiversidad del distrito de Mbeliling por expertos locales. La representación reveló propiedades del sistema que ayudan a reconciliar los compromisos entre la seguridad alimentaria y la conservación de la biodiversidad. El gráfico representó un conjunto diverso de nodos de seguridad alimentaria y biodiversidad, y mostró que no hay una dicotomía simple entre "producción y protección". El análisis capturó una mayor complejidad que conceptos académicos populares como la separación-compartición de tierras o la intensificación sostenible. Tres temas principales surgieron del gráfico. Encontramos clústeres distintos de factores que influyen en la biodiversidad y la seguridad alimentaria. Nombramos estas fuentes de influencia (1) Modernización y agricultura sostenible; (2) Conocimiento y gestión; y (3) Gobernanza y procesos. El componente 2 fue el más representativo de las propiedades emergentes del sistema que contribuyen positivamente a la gestión de un nexo sostenible entre la alimentación y la biodiversidad en el paisaje de Mbeliling. Los determinantes clave de los resultados fueron: mejorar las prácticas agronómicas, diversificar la producción, mantener la cobertura forestal y la conectividad, y utilizar el conocimiento y los procesos de gestión de recursos naturales para mitigar los principales impulsores del cambio. Nuestro enfoque destaca las complejidades en el nexo entre la alimentación y la biodiversidad, y podría tener una amplia aplicación en otros lugares.