Se requieren alternativas no antibióticas a los promotores de crecimiento antimicrobiano (AGPs), y comprender el modo de acción de los AGPs puede facilitar el desarrollo de alternativas efectivas. Se determinó el impacto temporal del AGP antibiótico convencional, virginiamicina, y una alternativa de AGP, ceragenina (CSA-44), sobre la estructura y función de la microbiota cecal de pollos de engorde utilizando secuenciación de nueva generación y metabolómica basada en espectroscopia de resonancia magnética nuclear (RMN). Para elucidar el impacto de la diversidad bacteriana entérica, se realizó un trasplante oral (+/-) de digesta cecal en pollitos de 1 día de edad. El trasplante de microbiota resultó en el establecimiento de una microbiota cecal altamente diversa en los pollitos receptores que no cambió entre el día 10 y el día 15 post-eclosión. Ni la virginiamicina ni la CSA-44 influyeron en el consumo de alimento, el aumento de peso o la relación de conversión alimenticia, y no afectaron la estructura de la microbiota cecal en pollitos con microbiota entérica de baja o alta diversidad. Sin embargo, el análisis metabolómico de los contenidos cecales mostró que el metaboloma de la digesta cecal se vio afectado en aves administradas con virginiamicina y CSA-44 en función de la diversidad de la comunidad bacteriana. Como reveló la metabolómica, los metabolitos relacionados con la glucólisis y las vías de síntesis de aminoácidos fueron impactados por la virginiamicina y la CSA-44. Así, la administración de AGPs no influyó en la estructura de la comunidad bacteriana, pero sí alteró la función de las comunidades bacterianas entéricas. Por lo tanto, las alteraciones en el funcionamiento de la microbiota entérica en pollos pueden ser el mecanismo por el cual los AGPs aportan beneficios para la salud, y esta posibilidad debe ser examinada en investigaciones futuras.