La metabolómica de las plantas desempeña un papel importante tanto en estudios básicos como aplicados en todos los aspectos del desarrollo de las plantas y las respuestas al estrés. Con la mejora de los estándares de vida, las personas necesitan suministros de alimentos de alta calidad y seguros. Por lo tanto, comprender las vías involucradas en la biosíntesis de metabolitos asociados nutricional y saludablemente en las plantas y las respuestas a los biohazards derivados de las plantas en los humanos es de igual importancia para satisfacer las necesidades de las personas. Para cada uno, la metabolómica tiene un papel vital que desempeñar, que se discute en detalle en esta revisión. Además, se destacan los elementos centrales de la metabolómica de las plantas, se resumen investigaciones sobre la mejora de cultivos basada en metabolómica para la nutrición y la seguridad, y se presentan brevemente estudios de metabolómica sobre productos naturales de plantas, incluida la medicina tradicional china (MTC) para la promoción de la salud. Se discuten los desafíos y se proponen perspectivas futuras de la metabolómica como una de las herramientas más importantes para promover la nutrición y la salud humana.