Mejorar el rendimiento de las terminales marítimas es una de las principales preocupaciones tanto de los investigadores como de los responsables de la toma de decisiones en el sector del transporte marítimo. El problema de la planificación del almacenamiento de contenedores y el problema de asignación de muelles (BAP) son los dos pilares para optimizar las operaciones portuarias. En este trabajo, abordamos estos dos temas, proponiendo dos modelos matemáticos que operan de manera secuencial y son aplicables tanto a casos estáticos como dinámicos. El primer modelo desarrollado es un modelo de problema lineal de enteros mixtos destinado a minimizar el tiempo de tráfico de buques en el puerto. El segundo modelo desarrollado es un modelo de optimización multiobjetivo basado en programación por objetivos (GP) para minimizar tanto el tiempo de transferencia de contenedores como el número de áreas de almacenamiento (minimizando la dispersión de contenedores). La robustez de los modelos propuestos ha sido probada a través de un benchmark con pruebas utilizando datos de la literatura y datos reales de puertos, basado en el solucionador IBM ILOG CPLEX 12.5. Los dos modelos matemáticos desarrollados permitieron tanto la minimización del tiempo de transferencia como del número de áreas de almacenamiento utilizadas, independientemente del número de empresas de manejo de operaciones (OHCs) que operan en el puerto marítimo y para ambos casos estáticos y dinámicos. Proponemos, como perspectivas para este trabajo, el desarrollo de un modelo heurístico para abordar las principales instancias relacionadas con el caso de grandes puertos.