Exploramos la influencia de las estrategias nutricionales maternas en el desarrollo del rumen y el ciego en la descendencia. Además, investigamos las posibles repercusiones de la nutrición prenatal en la composición del microbiota del rumen y fecal, utilizando técnicas metagenómicas 16S, para entender los efectos de la programación fetal (PF) en el ganado Nellore. Se evaluaron un total de 63 toros sometidos a diferentes estrategias de nutrición prenatal, a saber, no programada (NP), programación parcial (PP) y programación completa (CP). El epitelio ruminal fue evaluado metódicamente en función de la presencia de rumenitis e irregularidades estructurales. La evaluación de las lesiones del ciego se realizó post-evisceración, donde todos los ciegos fueron limpiados a fondo y evaluados metódicamente. Se recolectaron muestras de líquido ruminal de 15 animales en el momento del sacrificio y heces durante la fase de engorde, respectivamente. Todas las extracciones de ADN se llevaron a cabo utilizando el Macherey Nagel NucleoSpin Tissue, y la secuenciación 16S se realizó utilizando los primers V4 en la plataforma MiSeq. Dentro del ecosistema ruminal, se discernió un rango estimado de 90 a 130 variantes de secuencia de amplicón distintas, distribuidas en 45,000 a 70,000 lecturas de secuenciación. Nuestra exploración metagenómica revela comunidades microbianas que reflejan distintivamente los microentornos del tracto gastrointestinal y las influencias dietéticas. En resumen, este estudio integral avanza nuestra comprensión de la PF, destacando la interacción de la nutrición materna, el desarrollo gastrointestinal y las comunidades microbianas, contribuyendo significativamente a los campos de la ciencia animal.