Uganda ha tenido persistentemente una alta prevalencia de embarazo en adolescentes; del 25% durante los últimos 10 años. Este protocolo presenta el diseño de un Ensayo Controlado Aleatorizado por Clúster (ECAC) para investigar la efectividad de las intervenciones de Salud Sexual y Reproductiva Basadas en la Escuela (SSRBE) en la prevención del embarazo entre las estudiantes de 15 a 19 años en el Distrito de Hoima, Uganda. Se seleccionarán 18 escuelas secundarias (clústeres) utilizando muestreo por conglomerados y se asignarán 1:1 a un grupo de control o de intervención estratificado por ubicación geográfica. Se seleccionarán 1080 participantes/chicas de 15 a 19 años (60 por clúster) utilizando muestreo aleatorio simple. El grupo de intervención recibirá información adaptada sobre SSR, atención médica en la escuela y derivación durante 12 meses. El grupo de control no recibirá intervención del equipo de investigación; sin embargo, podrán acceder a servicios alternativos en otro lugar si lo desean. Los datos se obtendrán al inicio, a los 6 meses y a los 12 meses. Los resultados son la reducción en la ocurrencia de embarazos, la utilización de servicios de SSR y el cambio en el comportamiento sexual. Hasta donde sabemos, este es el primer ECAC que proporciona intervenciones combinadas de SSR para la prevención del embarazo en adolescentes en Uganda. Si es efectivo, podría tener un gran potencial en la prevención del embarazo en adolescentes. Registro del Ensayo: Registro de Ensayos Clínicos Panafricano (PACTR201810882140200) Registrado el 16 de octubre de 2018.