Las emergencias como las averías de máquinas y los pedidos urgentes afectan en gran medida las actividades de producción de las empresas manufactureras. La forma de abordar el problema de reprogramación después de emergencias tiene un alto valor práctico. Mientras tanto, en el contexto de la fabricación inteligente, los vehículos guiados automáticos están surgiendo gradualmente en las empresas. Para abordar las perturbaciones en el problema de programación de talleres de trabajo flexible con transporte de vehículos guiados automáticos, se establece un modelo de programación lineal entera mixta. De acuerdo con las características de este modelo, se diseña un NSGA-II mejorado, con el objetivo de minimizar el tiempo de finalización, el consumo de energía y la desviación de la carga de trabajo de las máquinas. Para mejorar la calidad de las soluciones, se diseña un operador de búsqueda local basado en un camino crítico. Además, se utiliza un método mejorado de cálculo de distancia de hacinamiento para reducir la complejidad computacional del algoritmo. Finalmente, se prueba la validez de las estrategias de mejora y se verifica la robustez y superioridad del algoritmo propuesto comparándolo con NSGA, NSGA-II y SPEA2.