El arroz es un alimento básico para la población mundial. Sin embargo, la paja producida por el cultivo de arroz no se utiliza suficientemente. Devolver la paja de arroz al campo es una forma efectiva de ayudar a reducir el trabajo y proteger el suelo. Este estudio se centró en el efecto de la profundidad cubierta de agua con el ciclo de congelación y descongelación en la descomposición de la paja de arroz y la estructura de la comunidad fúngica del suelo en un campo en el noreste de China. Se diseñaron experimentos de campo y controlados, y la región ITS1 fúngica fue analizada mediante secuenciación de alto rendimiento para analizar las comunidades fúngicas en este estudio. Los resultados mostraron que la cobertura de agua con el ciclo de congelación y descongelación promovió la descomposición de la paja de arroz e influyó en la estructura de la comunidad fúngica; al analizar la red de las comunidades fúngicas, se encontró que los taxones clave potenciales eran , , , y en la descomposición de la paja; y las cepas con altas concentraciones de beta-glucosidasa, carboximetil celulasa, lacasa, lignina peroxidasa y manganeso peroxidasa también pudieron ser aisladas en el experimento tratado. Además, se encontró que los hongos patógenos de plantas disminuyeron en el tratamiento con cobertura de agua. Esperamos que nuestros resultados puedan ayudar en la producción de arroz y la devolución de la paja en la práctica.