Aunque los campos de arroz son una de las mayores fuentes antropogénicas de metano (CH4) en el mundo, el presupuesto de CH4 del ecosistema y sus controles en los arrozales siguen siendo poco claros. Aquí, analizamos la dinámica estacional de las mediciones directas del flujo de CH4 a escala del ecosistema en un agroecosistema de rotación arroz-trigo durante 3 años consecutivos. Los resultados mostraron que las captaciones promedio de CO2 y las emisiones de CH4 en las temporadas de arroz fueron 2.2 y 20.9 veces mayores que en las temporadas de trigo, respectivamente. En resumen, el agroecosistema de rotación trigo-arroz actuó como un gran sumidero neto de C (promedio de 460.79 g C m-2) y una fuente de GHG (promedio de 174.38 g CO2eq m-2), excepto por un sumidero de GHG en un año (2016) con una densidad de siembra de arroz muy alta. Si bien la correlación lineal entre los flujos diarios de CH4 y la productividad bruta del ecosistema (GEP) no fue significativa durante toda la temporada de arroz, los flujos diarios de CH4 estuvieron significativamente correlacionados con la GEP diaria tanto antes (R2: 0.52-0.83) como después del drenaje a mitad de temporada (R2: 0.71-0.79). Además, la prueba parcial F mostró que la GEP fue mucho mayor que la de cualquier otra variable, incluida la temperatura del suelo, durante la temporada de arroz en cada año. Mientras tanto, los parámetros de las funciones de mejor ajuste entre los flujos diarios de CH4 y la GEP cambiaron entre las etapas de crecimiento del arroz. Este estudio destaca que la GEP es un buen predictor de los flujos diarios de CH4 en los arrozales.