La bomba de protones impulsada por la luz bacteriorodopsina (BR) del arqueón extremófilo halófilo es una proteína que se une al retinal, la cual forma cristales 2D altamente ordenados y térmicamente estables en membranas nativas (llamadas membranas púrpuras). BR y las membranas púrpuras (PM) han sido y siguen siendo intensamente estudiadas por numerosos investigadores de diferentes disciplinas científicas. Además, las PM se están utilizando con éxito en nuevas tecnologías emergentes como la bioelectrónica y la bionanotecnología. La mayoría de los estudios publicados utilizaron la forma de BR de tipo salvaje, debido a la dificultad intrínseca de producir versiones genéticamente modificadas homólogas en membranas púrpuras. Sin embargo, la modificación y la ingeniería son cruciales para estudios en la investigación básica y, en particular, para adaptar BR a aplicaciones específicas en ciencias aplicadas. Presentamos un protocolo extenso y detallado que abarca desde la modificación genética y el cultivo hasta el aislamiento, y la caracterización bioquímica, biofísica y funcional de BR y las membranas púrpuras. Se discuten los problemas y dificultades de la expresión homóloga de las versiones de BR, y se presentan posibles soluciones. El protocolo tiene como objetivo facilitar el acceso a versiones de BR genéticamente modificadas para investigadores de diferentes disciplinas científicas, aumentando así la aplicación de este biomaterial versátil.