El sistema de producción de arroz con cobertura del suelo (GCRPS) se ha propuesto como una solución potencial para aliviar la sequía estacional y el estrés por bajas temperaturas tempranas en áreas montañosas; aclarar su impacto en el crecimiento de los cultivos es crucial para mejorar la productividad del arroz en estas áreas. Se realizó un experimento de campo de dos años (2021-2022) en las montañas de suroeste de China para comparar los efectos del arroz inundado tradicional (Paddy) y el GCRPS bajo tres prácticas de manejo de nitrógeno (N) diferentes (N1, fertilizante sin N; N2, 135 kg de N como fertilizante a base de urea; y N3, 135 kg de N con una relación de aplicación de base a topdressing de 3:2 como fertilizante de urea para el Paddy o una relación de aplicación basal de 1:1 como urea y estiércol para el GCRPS) sobre el almacenamiento de agua en el suelo, el contenido de N mineral en el suelo y los parámetros de crecimiento de los cultivos, incluyendo la altura de las plantas, el número de macollos, el índice de área foliar (LAI), la dinámica de materia seca (DM) en la parte aérea y el rendimiento de los cultivos. Los resultados mostraron que hubo una diferencia significativa en la lluvia entre los dos períodos de crecimiento, con 906 mm y 291 mm en 2021 y 2022, respectivamente. Mientras que el GCRPS no afectó significativamente el almacenamiento de agua en el suelo, el contenido de N mineral en el suelo y la altura de las plantas, condujo a una reducción en el número de macollos parciales (del 1.1% al 31.6%), el LAI (del 0.6% al 20.4%), la DM (del 4.4% al 18.8%) y el rendimiento de los cultivos (del 7.4% al 22.0%) en 2021 (año húmedo) en comparación con el Paddy. Sin embargo, en 2022 (año seco), el GCRPS condujo a un aumento en el número de macollos (del 13.7% al 115.4%), el LAI (del 17.3% al 81.0%), la DM (del 9.0% al 62.6%) y el rendimiento de los cultivos (del 2.9% al 9.2%) en comparación con el Paddy. El modelado de ecuaciones estructurales indicó que el GCRPS afectó significativamente el número de macollos, la altura de las plantas, el LAI, la DM y el número de macollos productivos, lo que influyó indirectamente en el rendimiento de los cultivos al afectar significativamente el número de macollos y el número de macollos productivos en 2022. En general, los efectos del GCRPS sobre la dinámica del agua y el N en el suelo no fueron significativos. En 2021, con alta lluvia, sin sequía y sin estrés por bajas temperaturas tempranas, el GCRPS suprimió el crecimiento de los cultivos y redujo el rendimiento, mientras que en 2022, con sequía y estrés por bajas temperaturas tempranas y baja lluvia, el GCRPS promovió el crecimiento de los cultivos y aumentó el rendimiento, siendo el número de macollos y el número de macollos productivos los factores clave que afectan el rendimiento de los cultivos.