Para arrojar luz sobre la expresión génica bacteriana fitobeneficiosa, investigamos la expresión del gen involucrado en la producción de 2,4-diacetilfloglucinol. Con ese propósito, se utilizaron enfoques de marcado estable de isótopos (SIP) de ADN y ARNm. Las plántulas se cultivaron bajo CO durante 27 días, y la presencia y expresión del gen se determinaron en el suelo de la rizosfera y en las raíces. Los resultados mostraron que el gen estaba presente y expresado por bacterias que habitan en el suelo de la rizosfera y obtienen nutrientes de la descomposición de la materia orgánica y de los exudados de raíces, mientras que la expresión génica parecía estar reprimida en las raíces. Estos datos fueron validados al inocular cuatro especies de plantas con la bacteria fitobeneficiosa. La expresión génica fue altamente activada por los exudados de raíces de trigo y de maíz, y en menor medida por los de cebada, mientras que fue completamente suprimida por los exudados de raíces de arroz. En general, estos resultados nos llevan a la conclusión de que las señales para regular a la baja la expresión génica pueden derivar de los exudados de raíces.