Las comunidades microbianas del suelo están estrechamente relacionadas con las funciones del ecosistema. Sin embargo, desentrañar la naturaleza compleja del mundo microbiano y utilizar con éxito todas las interacciones positivas para obtener beneficios ambientales multipropósito sigue siendo un desafío importante. Aquí, describimos las comunidades bacterianas del suelo en diferentes nichos de tomates sanos y enfermos en condiciones naturales. Se observó una mayor abundancia del patógeno y una menor diversidad bacteriana en las muestras enfermas. La rizosfera del tomate sano albergaba más microbios beneficiosos para las plantas, incluyendo [contenido eliminado]. Además, la red de co-ocurrencia en las muestras de rizosfera sana era más complicada, para adaptarse mejor a la invasión del patógeno del suelo. Tanto el índice de taxón más cercano beta (betaNTI) como el cociente de estocasticidad normalizado (NST) demostraron que las comunidades de rizosfera sanas estaban menos agrupadas filogenéticamente y dominadas principalmente por la limitación de dispersión, mientras que la selección homogénea fue el principal proceso de ensamblaje que impulsaba la comunidad de rizosfera de las muestras enfermas. Los resultados obtenidos con los métodos de ensamblaje de la comunidad y el análisis de la red de co-ocurrencia revelaron que las comunidades bacterianas de la rizosfera sana poseían una adaptabilidad al estrés ambiental (estrés del patógeno del suelo) potencialmente más amplia en comparación con las comunidades bacterianas de la rizosfera enferma. En conclusión, este estudio contribuyó a ampliar nuestra comprensión de los posibles mecanismos de composición y ensamblaje de la comunidad bacteriana del suelo en respuesta a la invasión del patógeno del suelo.