Aproximadamente dos décadas después de la aprobación del POCP, y tras una evaluación de la necesidad de un sistema contable que cumpla con las demandas de una adecuada planificación, rendición de cuentas y control financiero, se introdujo el SNC-AP. Este sistema, regulado por 27 Normas de Contabilidad Pública, ha enfrentado desafíos en su implementación. Por lo tanto, es relevante analizar cómo los gestores de las instituciones de educación superior (IES) portuguesas perciben este tema. El objetivo de esta investigación es determinar si los gestores de las IES utilizan herramientas de control de gestión, qué modelos de control de gestión se adoptan y las dificultades encontradas en su implementación. Para lograr esto, se realizó un estudio empírico cualitativo a través de entrevistas semiestructuradas con 12 administradores y directores financieros de instituciones de educación superior portuguesas. Los resultados muestran que la contabilidad de gestión es compleja y desafiante de implementar. Las IES portuguesas aún se encuentran en las primeras etapas de adopción de estas herramientas, con un progreso limitado a la definición de actividades y centros de costos. Aún no se han establecido las condiciones para calcular, por ejemplo, el costo por curso, estudiante, proyecto o servicio, como se detalla en el NCP27 del SNC-AP.