Las emisiones de los barcos en alta mar tienen un tremendo impacto ambiental y en la salud de las ciudades portuarias y sus ciudadanos, a pesar de que la política del Área de Control de Emisiones (ECA) impone restricciones legislativas a los barcos. Es un desafío detectar barcos con emisiones ilegales utilizando métodos administrativos y de aplicación tradicionales. Además de un sistema de detección de emisiones de barcos, se investiga un sistema de detección basado en drones, y se formula un problema de enrutamiento de drones considerando la característica distintiva: el vuelo del dron mientras los barcos se mueven simultáneamente. Se elabora un programa no lineal y se desarrollan algoritmos heurísticos para resolver los casos de prueba. Los experimentos numéricos demuestran la viabilidad y las ventajas de utilizar soluciones de enrutamiento de drones. El algoritmo de solución puede resolver grandes muestras con 50 barcos en 2 segundos, y el tiempo de cálculo es casi lineal con respecto al número de barcos. El modelo y los algoritmos propuestos deberían contribuir a la detección de emisiones de barcos basada en drones y a un problema de enrutamiento destacado.