Aunque se suplementan diferentes tipos de probióticos comerciales en la tecnología de biofloc (BFT), hay muy poca información disponible sobre sus efectos en los peces de cultivo. Por lo tanto, este estudio se centró en evaluar los efectos de los tres probióticos comerciales más utilizados en el rendimiento de crecimiento, la histomorfología intestinal y la microbiota intestinal de la tilapia del Nilo cultivada en BFT. Alevines de tilapia, con un peso promedio de 3.02 +/- 0.50 g, fueron sembrados a una densidad de 60 alevines/0.2 m, y cultivados durante 90 días. Se administraron tres probióticos comerciales, con tres repeticiones para cada uno: un probiótico multi-especie de un solo género ( spp.) (T1), un probiótico multi-especie de múltiples géneros ( sp., sp., sp., sp.) (T2), y un probiótico multi-especie ( spp.) combinado con enzimas que incluyen amilasa, proteasa, celulasa y xilanasa (T3). Los resultados mostraron variaciones significativas en el crecimiento y la utilización del alimento, siendo T3 el que superó a los otros tratamientos en términos de ganancia de peso, peso del hígado y peso del intestino. La adición de spp. con enzimas (T3) al agua aumentó significativamente los parámetros histomorfométricos (longitud de las vellosidades, profundidad de las vellosidades, profundidad de las criptas, grosor muscular, grosor intestinal) así como los microbios (recuento total viable y total de bacterias lácticas) del intestino de los peces en comparación con T1 y T2, lo que llevó a una mejora en las respuestas de digestión y absorción. Se concluye que la suplementación de probióticos comerciales tiene beneficios potenciales en especies de peces de cultivo en BFT.