El uso de probióticos para beneficios de salud se está volviendo popular debido a la búsqueda de productos más seguros con efectos protectores y terapéuticos contra enfermedades y agentes infecciosos. La aparición y propagación de la resistencia antimicrobiana entre los patógenos ha llevado a restricciones sobre el uso no terapéutico de antibióticos para profilaxis y promoción del crecimiento, especialmente en la ganadería. Si bien los probióticos de cepa única son beneficiosos para la salud, los probióticos de múltiples cepas podrían ser más útiles debido a la sinergia y los efectos aditivos entre los aislados individuales. Este artículo documenta los mecanismos por los cuales los probióticos de múltiples cepas ejercen sus efectos en el manejo de enfermedades infecciosas y no infecciosas, inhibiendo patógenos resistentes a antibióticos y mejorando la salud. Se reveló que la administración de probióticos de múltiples cepas alivia eficazmente las condiciones del tracto intestinal, como el síndrome del intestino irritable, la inhibición de patógenos y la modulación del sistema inmunológico y la microbiota intestinal. Finalmente, aunque la mayoría de la investigación actual se centra en comparar los efectos de los probióticos de múltiples cepas y de cepa única, hay una escasez de información sobre los mecanismos moleculares de sinergia entre los aislados de probióticos de múltiples cepas. Esto forma una base para futuras investigaciones en el desarrollo de probióticos de múltiples cepas para beneficios de salud mejorados.