Los probióticos en la acuicultura tienen el potencial de mejorar la salud y el crecimiento de los peces. Debido a su mayor especificidad y afinidad por su huésped, los probióticos indígenas pueden ofrecer beneficios aislados y potencialmente amplificados. Este estudio investigó los efectos de PH3-05, previamente aislado de adultos de pez cuchara tropical, sobre el crecimiento, la supervivencia, la actividad de las enzimas digestivas, la morfología intestinal, la expresión de genes de barrera e inmunidad, y la composición de la microbiota intestinal en las larvas de pez cuchara tropical. Las larvas fueron alimentadas con concentraciones vivas de PH3-05 de 10, 10 y 10 CFU/g durante 15 días junto con una dieta de control sin probióticos. Las concentraciones más altas de PH3-05 (10 y 10 CFU/g) influyeron positivamente en el crecimiento larval, aumentando el área de los hepatocitos y la altura de los enterocitos. La dosis de 10 CFU/g mejoró significativamente la supervivencia (46%) y la actividad de las enzimas digestivas. Notablemente, la dosis de 10 CFU/g estimuló un aumento en la expresión de genes, sugiriendo una función mejorada de la barrera mucosa y una respuesta antiinflamatoria. Aunque PH3-05 no cambió significativamente la diversidad, estructura o composición a nivel de filo de la microbiota intestinal, que estaba constituida por Proteobacteria, Bacteroidota, Chloroflexi y Firmicutes, se observó un aumento en la abundancia en los peces alimentados con 10 CFU/g, sugiriendo una colonización probiótica mejorada. Estos resultados demuestran que la administración de PH3-05 a 10 CFU/g promueve el crecimiento, la supervivencia y la salud digestiva en las larvas, estableciéndolo como un candidato prometedor de probiótico indígena para aplicaciones en acuicultura.