Los estudios médicos comparativos a menudo implican la recolección de datos de órganos emparejados, lo que puede producir datos bilaterales o unilaterales. Aunque existen muchos procedimientos de prueba que tienen en cuenta la correlación intraclase entre órganos emparejados para datos bilaterales, se necesita realizar más investigaciones para determinar cómo analizar datos bilaterales y unilaterales correlacionados combinados. En la práctica, la estratificación se utiliza a menudo en el análisis para garantizar que los participantes se asignen de manera equitativa a cada condición experimental. En este documento, proponemos tres métodos basados en la Estimación de Máxima Verosimilitud (MLE) para probar la homogeneidad de las diferencias entre dos proporciones para datos bilaterales y unilaterales estratificados a través de estratos utilizando el modelo de Donner. Comparamos el rendimiento de estos métodos con un método basado en el modelo utilizando Ecuaciones de Estimación Generalizada mediante simulaciones de Monte Carlo. También proporcionamos un ejemplo real para ilustrar las metodologías propuestas. Nuestros hallazgos sugieren que la prueba de Score funciona bien y ofrece una valiosa alternativa a las pruebas exactas en futuros estudios.