En los últimos años, el desarrollo de espectrómetros de microondas de transformada de Fourier de pulso chirp de banda ancha ha revolucionado el campo de la espectroscopia rotacional. Actualmente, es posible obtener experimentalmente una gran cantidad de espectros que serían difíciles de analizar manualmente debido a dos razones principales. Primero, los instrumentos recientes permiten obtener una cantidad considerable de datos en tiempos muy cortos, y segundo, es posible analizar mezclas complejas de moléculas que contribuyen a la densidad de los espectros. AUTOFIT es una aplicación de software de asignación espectral que se desarrolló en 2013 para apoyar y facilitar el análisis. A pesar de los beneficios que AUTOFIT aporta en términos de automatización del análisis de los datos acumulados, aún no garantiza un buen rendimiento en términos de tiempo de ejecución porque aprovecha la potencia informática de una sola máquina informática. Para satisfacer este requisito, desarrollamos una versión paralela de AUTOFIT, llamada HS-AUTOFIT, capaz de ejecutarse en clústeres de computación de alto rendimiento (HPC) para acortar el tiempo de exploración y análisis de grandes datos espectrales. En este documento, informamos sobre algunas pruebas realizadas en un clúster HPC real con el objetivo de proporcionar una evaluación cuantitativa de las capacidades de escalabilidad de HS-AUTOFIT en un contexto de computación multinodo. Los resultados recopilados demuestran los beneficios del enfoque propuesto en términos de una reducción significativa en el tiempo de computación.