Debido a los intensos impactos antropogénicos, las redes fluviales en áreas co-urbanizadas están severamente degradadas y fragmentadas, y su capacidad para proporcionar múltiples servicios ecosistémicos se reduce considerablemente. Este estudio tuvo como objetivo proporcionar un enfoque técnico novedoso para identificar prioridades espaciales para espacios hídricos lineales complejos y especiales en un área co-urbanizada. Este enfoque considera plenamente las características de las redes fluviales con múltiples niveles y múltiples funciones. Primero identificamos dos configuraciones espaciales de redes fluviales basadas en la densidad de ríos: parches de clúster de ríos y corredores de ríos, que se dividieron en cuatro niveles espaciales. Luego evaluamos y mapeamos los múltiples servicios ecosistémicos proporcionados por cada nivel fluvial a través de un modelo de evaluación de acoplamiento. Finalmente, basándonos en los resultados de la evaluación y el análisis de agrupamiento espacial, identificamos prioridades de espacios hídricos lineales utilizando seis grados de prioridad. Este método de identificación de prioridades basado en múltiples niveles y múltiples servicios ecosistémicos de espacios hídricos lineales muestra cómo se puede aplicar una perspectiva holística de cuenca a la práctica de la gestión integrada de ríos en áreas co-urbanizadas. Seleccionar estrategias de conservación para espacios hídricos lineales en función de su nivel estructural y contribución ecológica es una medida más específica.