La meseta Qinghai-Tibetana (QTP) ha fomentado una rica diversidad de especies debido a sus únicas condiciones geográficas y ambientales. Las especies (subfamilia Schizopygopsinae) son peces primitivos que viven en el entorno especial de la meseta, y su evolución y distribución son inseparables de los cambios históricos de la QTP. Recientemente, los recursos de las especies han estado disminuyendo debido al deterioro del hábitat y la intensificación de las actividades humanas. Por lo tanto, se requiere urgentemente la conservación científica de los recursos genéticos de las especies. En este estudio, establecimos dos modelos para la evaluación de la conservación prioritaria de los recursos de germoplasma de las especies, basados en la diversidad genética y las relaciones filogenéticas de 674 individuos de ocho poblaciones de especies. Los resultados muestran que las poblaciones (GPO), (GE) y (GPR) son las más genéticamente diversas en términos de valores combinados de diversidad genética y deben ser priorizadas para la conservación. En términos de contribución genética, las poblaciones GPO, GE y GPR tienen un impacto positivo en el mantenimiento de la distintividad y diversidad de toda la población de especies y deben ser priorizadas para la conservación. Sin embargo, en términos de diferentes clados evolutivos, las poblaciones , , , y GE en el clado A deben recibir prioridad para la protección, la población GE en el clado B debe recibir prioridad, y la población GPR en el clado C debe recibir prioridad. En conclusión, los dos modelos y la evaluación de prioridades de conservación proporcionarán una base científica para la conservación de las especies.