Se utilizaron extractos de ARN de doble cadena de tres cultivares de higuera de una colección de germoplasma de Apulia (Italia del Sur) para secuenciación de alto rendimiento y se reveló la presencia de dos closterovirus distintos, recientemente descritos. Las secuencias obtenidas de estos aislados apulianos pertenecen al virus de la higuera A y al virus de la higuera B y cubren el 38% y el 25% de su genoma de ARN, respectivamente. Los conjuntos de cebadores diseñados en contigs seleccionados confirmaron la presencia de cada virus en plantas infectadas. Se observa una estrecha relación filogenética, investigada en un fragmento de la proteína HSP70h, entre estos aislados y los genomas de referencia. Se observó una divergencia de nucleótidos (que varía del 10 al 30% a lo largo de los diferentes genes) entre nuestros aislados y los genomas de referencia. Este es el primer hallazgo de estas especies virales en accesiones autóctonas de higuera en Europa.