Primera Estructura Cristalina de la Oligopeptidasa B Bacteriana en un Estado Intermedio: Los Roles de la Modificación de la Región de Bisagra y la Espermidina
Autores: Petrenko, Dmitry E.; Timofeev, Vladimir I.; Britikov, Vladimir V.; Britikova, Elena V.; Kleymenov, Sergey Y.; Vlaskina, Anna V.; Kuranova, Inna P.; Mikhailova, Anna G.; Rakitina, Tatiana V.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Primera Estructura Cristalina de la Oligopeptidasa B Bacteriana en un Estado Intermedio: Los Roles de la Modificación de la Región de Bisagra y la Espermidina
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Oligopeptidasa b
Región de bisagra
Tríada catalítica
Proceso de cristalización
Poliamina espermina
Dispersión de rayos X a pequeño ángulo
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 44
Citaciones: Sin citaciones
La oligopeptidasa B (OpB) es una peptidasa serina similar a la tripsina de dos dominios que pertenece a la familia de prolylo-oligopeptidasas (POP) S9. Dos dominios están unidos por una región de bisagra que participa en la transición de la enzima entre dos estados principales: cerrado y abierto, en los cuales los dominios y residuos de la triada catalítica se encuentran cerca uno del otro y separados, respectivamente. En este estudio, describimos, por primera vez, una estructura de OpB de bacterias obtenida para una enzima con una región de bisagra modificada (PSPmod). PSPmod fue cristalizada en una conformación caracterizada por una interrupción de la triada catalítica junto con una disposición de dominios intermedia entre los estados abierto y cerrado encontrados en cristales de POP libres de ligandos y unidos a inhibidores, respectivamente. Dos derivados adicionales de PSPmod fueron cristalizados en la misma conformación. Ni el PSP tipo salvaje ni sus variantes mutadas correspondientes fueron susceptibles a la cristalización, lo que indica que la modificación de la región de bisagra fue clave en el proceso de cristalización. Se sugirió que el segundo factor clave era la espermina, ya que todos los cristales se cultivaron en su presencia. Las influencias de la modificación de la región de bisagra y la espermina en el estado conformacional de PSP en solución fueron evaluadas mediante dispersión de rayos X a pequeño ángulo. SAXS mostró que, en solución, el PSP tipo salvaje adoptó el estado abierto, la espermina causó la transición conformacional al estado intermedio, y el PSPmod libre de espermina contenía moléculas en las conformaciones abierta e intermedia en equilibrio dinámico.
Descripción
La oligopeptidasa B (OpB) es una peptidasa serina similar a la tripsina de dos dominios que pertenece a la familia de prolylo-oligopeptidasas (POP) S9. Dos dominios están unidos por una región de bisagra que participa en la transición de la enzima entre dos estados principales: cerrado y abierto, en los cuales los dominios y residuos de la triada catalítica se encuentran cerca uno del otro y separados, respectivamente. En este estudio, describimos, por primera vez, una estructura de OpB de bacterias obtenida para una enzima con una región de bisagra modificada (PSPmod). PSPmod fue cristalizada en una conformación caracterizada por una interrupción de la triada catalítica junto con una disposición de dominios intermedia entre los estados abierto y cerrado encontrados en cristales de POP libres de ligandos y unidos a inhibidores, respectivamente. Dos derivados adicionales de PSPmod fueron cristalizados en la misma conformación. Ni el PSP tipo salvaje ni sus variantes mutadas correspondientes fueron susceptibles a la cristalización, lo que indica que la modificación de la región de bisagra fue clave en el proceso de cristalización. Se sugirió que el segundo factor clave era la espermina, ya que todos los cristales se cultivaron en su presencia. Las influencias de la modificación de la región de bisagra y la espermina en el estado conformacional de PSP en solución fueron evaluadas mediante dispersión de rayos X a pequeño ángulo. SAXS mostró que, en solución, el PSP tipo salvaje adoptó el estado abierto, la espermina causó la transición conformacional al estado intermedio, y el PSPmod libre de espermina contenía moléculas en las conformaciones abierta e intermedia en equilibrio dinámico.