Los lentivirus de rumiantes pequeños (SRLV) son un grupo de retrovirus que causan enfermedades crónicas multisistémicas en cabras y ovejas y provocan pérdidas en la producción de estos animales, afectando negativamente la salud y el bienestar animal. Aunque se ha realizado la caracterización molecular de aislamientos de SRLV en muchos países, actualmente no hay información sobre los genotipos de SRLV que circulan en ovejas y cabras en Rumanía. Por lo tanto, el objetivo principal de este estudio fue llevar a cabo un análisis molecular y filogenético de los SRLV de Rumanía y determinar el grado de relación genética de las secuencias obtenidas con otras cepas de referencia de SRLV conocidas. Se probaron un total de 81 muestras de tejido pulmonar de ovejas y 41 muestras de ganglios linfáticos pulmonares de ovejas utilizando PCR en tiempo real anidada, y las muestras positivas para PCR en tiempo real se utilizaron para amplificar un fragmento de 800 pb y un fragmento superpuesto de 625 pb del gen. El análisis de distancia de ADN por pares y el análisis filogenético mostraron que las cepas de SRLV rumanas estaban estrechamente relacionadas con las cepas A2 y A3 según las secuencias y con los subtipos A3 y A17 según las secuencias. No se encontraron eventos de recombinación. Nuestros resultados revelaron que las secuencias rumanas tienen patrones de epítopos similares a otros subtipos existentes, aunque las mutaciones E/K y R/K en el epítopo 3 se encontraron solo en las secuencias rumanas, lo que puede tener un valor potencial en el diagnóstico serológico. Este estudio es el primer informe sobre la caracterización genética de las cepas de SRLV que circulan en Rumanía y proporciona nueva información sobre la heterogeneidad de los SRLV. Se deben realizar estudios detallados adicionales para comprender mejor la divergencia de las cepas rumanas de SRLV.