El stock (L.) R. Br. es una famosa planta ornamental anual con un importante valor ornamental y económico. La falta de marcadores moleculares de ADN ha limitado el análisis genético, la evolución del genoma y los estudios de cría selectiva asistida por marcadores. Por lo tanto, se necesitan más marcadores de ADN para apoyar la elucidación adicional de la biología y genética del stock. En este estudio, se ensambló inicialmente un genoma de alta calidad y se desarrolló un conjunto de primers SSR efectivos a nivel de genoma completo utilizando datos genómicos. Se identificaron un total de 45,612 loci de SSR; los motivos de di-nucleótidos fueron los más abundantes (77.35%). En total, se diseñaron 43,540 pares de primers, de los cuales 300 fueron seleccionados al azar para la validación por PCR, y se obtuvo una tasa de éxito para la amplificación. Además, se utilizaron 22 marcadores SSR polimórficos para analizar la diversidad genética de 40 variedades de stock. El análisis de agrupamiento mostró que todas las variedades podían dividirse en dos grupos con una distancia genética de 0.68, lo que fue altamente consistente con su forma de flor (tipo en maceta o tipo corte). Además, hemos verificado que estos marcadores SSR son efectivos y transferibles dentro de la familia Brassicaceae. En este estudio, se desarrollaron con éxito marcadores moleculares SSR potenciales para 40 variedades utilizando análisis de genoma completo, proporcionando una herramienta genética importante para la investigación teórica y aplicada sobre el stock.