Como vector de una amplia gama de agentes patógenos, las garrapatas representan amenazas para la salud de los animales salvajes y domésticos, así como para los humanos. No hay información disponible sobre la prevalencia y el estudio espacial de garrapatas y especies asociadas en Pakistán. Con respecto a esta brecha de conocimiento, el presente estudio tuvo como objetivo detectar molecularmente las especies asociadas con la infestación de pequeños rumiantes en Khyber Pakhtunkhwa (KP), Pakistán. Se recolectaron un total de 409 garrapatas de 163/295 hospedadores infestados, con una tasa de infestación del 55.25%. Se recolectaron un total de 204 hembras, 158 machos y 47 ninfas. Las cabras estaban fuertemente infestadas por 224 garrapatas, con una tasa de infestación del 58.33% (98/168), mientras que las ovejas estaban infestadas por 185 garrapatas, con una tasa de infestación menor del 51.18% (65/127). El ADN genómico extraído de las garrapatas se utilizó para la amplificación de especies de garrapatas (16S rRNA, ITS-2) y genes parciales. Ochenta y tres garrapatas fueron sometidas a PCR, y 8/83 (9.6%) resultaron positivas para agentes rickettsiales. Las secuencias de 16S rRNA mostraron una identidad del 98.90-99.74% con secuencias reportadas de Pakistán, y se agruparon filogenéticamente con las especies correspondientes reportadas de Pakistán e India. Las secuencias rickettsiales obtenidas mostraron un 100% de identidad con la especie reportada de Pakistán. En los árboles filogenéticos, las secuencias rickettsiales se agruparon con especies no caracterizadas de Pakistán y de Israel, Rusia, Sudáfrica e India. La detección molecular basada en la presente investigación facilitará una vigilancia efectiva en la región.