La enfermedad por circovirus porcino representa una amenaza significativa para la industria de la cría de cerdos. A nivel mundial, están circulando cuatro genotipos de circovirus porcino, siendo el circovirus porcino tipo 2 y 3 (PCV2 y PCV3) los más asociados con manifestaciones clínicas. El circovirus porcino tipo 4 (PCV4), descubierto recientemente, presenta síntomas clínicos que se asemejan al síndrome de nefropatía dérmica porcina. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la prevalencia y las características genéticas de los PCVs en la provincia de Guangdong, China. Se realizó un análisis exhaustivo de 193 muestras recolectadas de 83 granjas porcinas distintas durante el período de 2017-2023. Se empleó una PCR convencional para investigar la presencia de PCV2, PCV3 y co-infección por PCV2/3. Entre las muestras, el 56.48%, 8.81% y 8.81% dieron positivo para PCV2, PCV3 y co-infección por PCV2/3, respectivamente. Curiosamente, no se detectó PCV4. Se realizó secuenciación de genoma completo en 80 aislados de PCV2 y 7 aislados de PCV3. Un análisis filogenético reveló que 12 cepas pertenecían a PCV2a, 8 cepas a PCV2b y 60 cepas a PCV2d, indicando la presencia predominante de PCV2d en la provincia de Guangdong, China. Además, dos aislados de PCV3 fueron clasificados como PCV3a y cinco cepas como PCV3b. Notablemente, un análisis en profundidad de la secuencia de la proteína Cap de los aislados de PCV2 y PCV3 identificó sitios de mutación de alta frecuencia ubicados en regiones de epítopos predichos. En general, este estudio proporciona valiosos conocimientos sobre la prevalencia y evolución de PCV2 y PCV3 durante el período de 2017-2023 en la provincia de Guangdong, China, contribuyendo así al desarrollo de medidas efectivas de prevención y control.