Las emisiones de metano (CH) y óxido nitroso (NO) se midieron en una rotación de arrozal-tierra alta (tres años para soja y tres años para arroz) con diferente fertilidad del suelo debido a la aplicación previa de compost durante cuatro años (es decir, 3 kg de materia fresca por año de aplicación de compost inmaduro o maduro y una parcela de control sin compost). El balance neto de gases de efecto invernadero (GEI) se evaluó integrando las emisiones de CH y NO y las emisiones de dióxido de carbono (CO) calculadas a partir de una disminución en el almacenamiento de carbono del suelo. Las emisiones de NO en el terreno de soja tendían a ser más altas en la parcela con compost inmaduro. Las emisiones de CH en el arrozal aumentaron cada año y tendían a ser más altas en la parcela con compost maduro. Se estimó que entre el 52 y el 68% del carbono del suelo aumentado por la aplicación previa de compost se perdió durante el cultivo de soja. El componente principal de la emisión neta de GEI fue el CO (82-94%) y el CH (72-84%) durante los cultivos de soja y arroz, respectivamente. Las emisiones netas de GEI durante los cultivos de soja y arroz fueron comparables. En consecuencia, los efectos de la aplicación de compost en el balance neto de GEI de la rotación de arrozal-tierra alta deben ser evaluados cuidadosamente con respecto a las ventajas (entrada inicial al suelo) y desventajas (aumentos posteriores en GEI).