Los sistemas de Cultivo de Corte y Recrecimiento de Álamo (SRCs) para la producción de bioenergía se están convirtiendo de nuevo en tierras de cultivo. La transición a Sistemas de Cultivo en Callejones (ACSs) podría ser una estrategia adecuada para integrar las antiguas filas de árboles y cultivos arables. Un ensayo de campo (Pisa, Italia Central) se estableció con el objetivo de evaluar el almacenamiento de C de un sistema ACS basado en álamo híbrido y sorgo (L. Moench) y compararlo con el de un sistema de cultivo SRC. El presupuesto de carbono a escala del agroecosistema se evaluó en el primer año de la transición utilizando el enfoque de producción neta de bioma (NBP) con un método simplificado. El NBP general para el SRC fue positivo (96 +/- 40 g C m año), resaltando que el sistema era un sumidero de carbono neto (es decir, NBP > 0). Sin embargo, el ACS registró una pérdida neta de C (es decir, NBP < 0), ya que el NBP fue de -93 +/- 56 g C m año. En el primer año de la transición, la conversión del SRC en un ACS contrarrestó el efecto beneficioso potencial del almacenamiento de C en la biomasa subterránea de los árboles debido a la alta tasa de respiración heterotrófica registrada en el ACS, que fue fomentada por la incorporación de residuos y la perturbación del suelo en el callejón. Años adicionales de mediciones de respiración heterotrófica podrían permitir una estimación de la velocidad y la magnitud de las pérdidas de C.