La preservación de la diversidad microbiana es un tema que no se aborda adecuadamente, considerando su papel en la transformación de la Tierra en un planeta habitable y su contribución al bienestar humano. La alteración de sus hábitats naturales desencadena respuestas, que se reflejan en la modificación de la composición de microecosistemas y las actividades metabólicas. Este también es el caso de los microecosistemas relacionados con los alimentos; los cambios en el entorno de cultivo, registrados como prácticas agrícolas y condiciones de fabricación o almacenamiento, resultan en alteraciones similares en la microcomunidad residente. De hecho, el objetivo principal de la microbiología de los alimentos es favorecer el crecimiento de microorganismos que promuevan la salud y restringir el desarrollo de aquellos que pueden afectar negativamente la calidad de los alimentos o incluso causar infecciones o intoxicaciones. Por lo tanto, la perspectiva actual es unilateral, ignorando cuestiones de interés general, como la preservación de la biodiversidad actual. El objetivo del presente artículo es presentar la perspectiva actual de la microbiología de los alimentos, que se basa en los diferentes roles de la microbiota relacionada con los alimentos y resaltar la necesidad de pasar de una percepción antropocéntrica a una percepción centrada en los microbios.