La contaminación está aumentando en la región amazónica y su impacto real aún no está claro. Dado que esta región es de gran interés para la comunidad global, este estudio tuvo como objetivo evaluar biomarcadores geoquímicos y metales en sedimentos de tres arroyos que cruzan Manaus, una ciudad brasileña de 2.1 millones de habitantes ubicada en el corazón de la selva amazónica. Los arroyos Mindu y Quarenta atraviesan el área urbana de Manaus y reciben efluentes domésticos de muchos distritos densamente poblados. Además, el arroyo Quarenta está sujeto a efluentes del distrito industrial de Manaus. El arroyo Tarumã-Açu está mayormente cubierto de vegetación, aunque la región presenta algunas actividades de agricultura familiar, estaciones de servicio flotantes, marinas y restaurantes y bares flotantes. Los -alcanos se determinaron mediante Cromatografía de Gases con Detección por Ionización de Llama (GC-FID), mientras que los hopanos y los hidrocarburos aromáticos policíclicos (PAHs) se determinaron mediante Cromatografía de Gases acoplada a Espectrometría de Masas (GC-MS). Los metales Ag, Cd, Cr, Co, Cu, Mn, Ni, Pb y Zn se determinaron mediante Espectroscopia de Emisión Óptica de Plasma Acoplado Inductivamente (ICP-OES) tras digestión ácida asistida por microondas. Las concentraciones de PAHs totales y metales fueron más altas en los sedimentos de los arroyos urbanos Mindu y Quarenta debido a la ocurrencia de fuentes de contaminación más intensas y diversas. Además, algunas muestras de sedimento de ambos arroyos presentaron concentraciones de fluorantheno, fenantreno y metales superiores a los límites de baja probabilidad de efectos adversos sobre la biota establecidos por la guía internacional y por la legislación brasileña. Una concentración total de -alcanos similar para los sedimentos de todos los arroyos asociada con perfiles de -alcanos sin predominancia de hidrocarburos impares/par sugiere que la quema de biomasa es una fuente importante de hidrocarburos. Los productos derivados del petróleo también representaron una fuente de -alcanos, como lo confirma la presencia de ,-hopanos, incluida una serie de ,-homohopanos de C a C con la presencia de ambos epímeros 22 y 22. Este es el primer informe sobre -alcanos, PAHs y hopanos en sedimentos de los arroyos Mindu, Quarenta y Tarumã-Açu. Las concentraciones reportadas aquí pueden considerarse como datos de referencia en futuros programas de monitoreo de estos arroyos.