La Monitorización de Reacciones Múltiples (MRM) realizada en un espectrómetro de masas de triple cuadrupolo permite a los investigadores cuantificar los niveles de expresión de un conjunto de proteínas objetivo. Cada proteína a menudo se caracteriza por varios péptidos únicos que pueden ser detectados al monitorear iones fragmentados predeterminados, llamados transiciones, para cada péptido. Concatenar un gran número de transiciones MRM en un solo ensayo permite la cuantificación simultánea de cientos de péptidos y proteínas. En reconocimiento del importante papel que MRM puede desempeñar en la investigación impulsada por hipótesis y su creciente impacto en la proteómica clínica, la proteómica dirigida como MRM fue seleccionada recientemente como el Método del Año de Nature. Sin embargo, hay muchos desafíos en las aplicaciones de MRM, especialmente en el preprocesamiento de datos, donde muchos pasos aún dependen de la inspección manual de cada observación en la práctica. En este artículo, discutimos un pipeline de análisis para automatizar el preprocesamiento de datos MRM. Este pipeline incluye la evaluación de la calidad de los datos a través de muestras replicadas, detección de valores atípicos, identificación de transiciones inexactas y normalización de datos. Demostramos la utilidad de nuestro pipeline a través de sus aplicaciones a varios conjuntos de datos MRM reales.