España ha sido el mayor productor de cerdo en la UE en los últimos años, lo que ha llevado a una producción significativa de purines de cerdo (PS) que requiere un manejo adecuado para prevenir impactos ambientales. Los objetivos de este estudio fueron cuantificar las emisiones de gases de efecto invernadero (GEI) y amoníaco y caracterizar los PS en sistemas de estanques de almacenamiento. Se utilizó una cubierta de paja en un estanque (SP) y la adición de microorganismos efectivos (EM) en un estanque biológico (BP) para tratar los purines. Durante dos períodos (otoño y primavera), se caracterizaron los PS y se midieron las emisiones de GEI (CO, CH, NO) y NH con una cámara dinámica. Después de 5 semanas de almacenamiento, BP logró una reducción del 96% para CO, 98% para CH y 59% para NH en comparación con el estanque de control (CP) en primavera, mientras que SP presentó una reducción del 74% para CO en otoño, y reducciones del 60% y 97% para CH y NH, respectivamente, en primavera. Además, las muestras de PS mostraron una tendencia decreciente para CE, materia seca, DQO, DBO, N total, NH-N, Org.-N, NO-N y PO durante ambas temporadas. Este estudio preliminar muestra promesas en la reducción de emisiones de GEI/NH y en la mejora de las propiedades de los PS, pero se recomienda una mayor replicación. Variar el grosor de la cubierta de paja, optimizar la dosis de EM y reducir el pH pueden mejorar los resultados.