La aparición continua de Variedades Esencialmente Derivadas (EDVs) en el proceso de cría del árbol del té pondrá en peligro y afectará la capacidad de innovación y el potencial de desarrollo de la cría del árbol del té. En este estudio, se utilizó la tecnología de genotipado por secuenciación (GBS) para seleccionar SNPs genómicos de alta calidad por primera vez para investigar las relaciones derivadas de 349 árboles de té de 12 provincias en China. Se seleccionaron un total de 973 SNPs que cubren uniformemente 15 cromosomas del árbol del té con alta capacidad de discriminación como el conjunto central de SNPs. Un análisis de similitud genética mostró que 136 pares de árboles de té tenían un coeficiente de similitud genética (GS) > 90%, de los cuales 60 variedades/cepas fueron identificadas como EDVs, incluyendo 22 variedades registradas (19 eran indiscutiblemente EDVs). Además, se seleccionaron 21 SNPs con una identificación del 100% de 349 árboles de té como marcadores de identificación rápida, de los cuales 14 marcadores SNP podrían utilizarse para la identificación del 100% de no-EDV. Estos resultados proporcionan la base para el análisis del fondo genético de los árboles de té en la cría asistida por moléculas.