Los proyectos de eco-compensación agrícola exitosos deben reflejar las preferencias heterogéneas tanto de los proveedores como de los beneficiarios. Este documento intenta responder a esta pregunta investigando las preferencias de ciudadanos y agricultores por diferentes métodos de eco-compensación agrícola en Wuhan, China, y explorando algunas de las características sociodemográficas que contribuyen a sus preferencias. Basado en los datos de 288 ciudadanos y 331 agricultores, se empleó el modelo logit multinomial para analizar sus preferencias por los cuatro métodos de eco-compensación agrícola (compensación monetaria, compensación en especie, compensación tecnológica y compensación política), respectivamente. Los resultados muestran que: (1) La compensación monetaria es el método de eco-compensación agrícola más bien recibido tanto por ciudadanos como por agricultores. (2) A pesar de que tanto agricultores como ciudadanos valoran mucho los métodos de compensación monetaria, los ciudadanos son más propensos a proporcionar métodos de compensación que puedan ayudar a los agricultores a mejorar sus estándares de vida de manera sostenible (compensación en especie, compensación tecnológica y compensación política). Los agricultores son menos propensos a elegir el método de compensación en especie. (3) La preferencia por los sistemas de eco-compensación agrícola de agricultores y ciudadanos está influenciada por diferentes características sociodemográficas. Los resultados pueden ayudar al gobierno a diseñar métodos de eco-compensación agrícola más específicos para agricultores con diferentes características sociodemográficas.