LightGBM-LncLoc: un predictor computacional basado en LightGBM para reconocer la localización subcelular de ARN largo no codificante
Autores: Lyu, Jianyi; Zheng, Peijie; Qi, Yue; Huang, Guohua
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
LightGBM-LncLoc: un predictor computacional basado en LightGBM para reconocer la localización subcelular de ARN largo no codificante
Categoría
Matemáticas
Subcategoría
Matemáticas generales
Palabras clave
ARN
LncRNA
Localización subcelular
LightGBM-LncLoc
Biomedicina
Predictor
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 28
Citaciones: Sin citaciones
Los ARN largos no codificantes (lncRNA) son una clase de transcritos de ARN con más de 200 residuos de nucleótidos. Los lncRNA desempeñan roles versátiles en los procesos celulares y, por lo tanto, se están convirtiendo en un tema candente en el campo de la biomedicina. La función de los lncRNA se descubrió que está estrechamente asociada con la localización subcelular. Aunque se han desarrollado muchos métodos para identificar la localización subcelular de los lncRNA, todavía hay mucho margen de mejora. Aquí presentamos un predictor computacional basado en LightGBM para reconocer la localización subcelular de lncRNA, llamado LightGBM-LncLoc. LightGBM-LncLoc utiliza k-mer de complemento reverso y propensión trinucleótida específica de la posición basada en la hebra simple para codificar los lncRNA y emplea LightGBM como algoritmo de aprendizaje. LightGBM-LncLoc alcanza un rendimiento de vanguardia mediante validación cruzada de cinco pliegues y pruebas independientes en los conjuntos de datos de cinco categorías de localización subcelular de lncRNA. También implementamos LightGBM-LncLoc como un servidor web fácil de usar.
Descripción
Los ARN largos no codificantes (lncRNA) son una clase de transcritos de ARN con más de 200 residuos de nucleótidos. Los lncRNA desempeñan roles versátiles en los procesos celulares y, por lo tanto, se están convirtiendo en un tema candente en el campo de la biomedicina. La función de los lncRNA se descubrió que está estrechamente asociada con la localización subcelular. Aunque se han desarrollado muchos métodos para identificar la localización subcelular de los lncRNA, todavía hay mucho margen de mejora. Aquí presentamos un predictor computacional basado en LightGBM para reconocer la localización subcelular de lncRNA, llamado LightGBM-LncLoc. LightGBM-LncLoc utiliza k-mer de complemento reverso y propensión trinucleótida específica de la posición basada en la hebra simple para codificar los lncRNA y emplea LightGBM como algoritmo de aprendizaje. LightGBM-LncLoc alcanza un rendimiento de vanguardia mediante validación cruzada de cinco pliegues y pruebas independientes en los conjuntos de datos de cinco categorías de localización subcelular de lncRNA. También implementamos LightGBM-LncLoc como un servidor web fácil de usar.