Las acciones de conservación para especies raras a menudo se basan en estimaciones del tamaño y número de la población, que son difíciles de capturar en sistemas naturales. En cambio, muchas definiciones de poblaciones dependen de distancias definidas arbitrariamente entre ocurrencias, lo cual no es necesariamente biológicamente significativo a pesar de tener utilidad desde una perspectiva de gestión de conservación. Aquí, presentamos un estudio de caso utilizando el trébol de pradera de hojas estrechas y altamente disyunto geográficamente, para el cual utilizamos loci de microsatélites nucleares para evaluar las delimitaciones actuales de las poblaciones y unidades de gestión a lo largo de su rango conocido. Modelamos el futuro espacio de nicho potencialmente adecuado para la especie para evaluar cómo podrían desenvolverse las poblaciones definidas actualmente bajo los cambios climáticos previstos en los próximos 50 años. Nuestros resultados indican que la variación genética dentro de la especie es extremadamente limitada, particularmente en las porciones distales de su rango (Illinois y Alabama). Dentro del núcleo de su rango (Tennessee), la estructura genética no es consistente con las poblaciones tal como están definidas actualmente. Nuestros modelos indican que el espacio de nicho adecuado previsto puede solo superponerse marginalmente con la geología asociada a esta especie (praderas de piedra caliza y praderas de dolomita) para 2070. Se necesitan estudios adicionales para evaluar hasta qué punto las poblaciones están ecológicamente adaptadas a los entornos locales y qué papel podría desempeñar esto en futuros esfuerzos de translocación.