Utilizamos la entropía difusa como una característica para optimizar el esquema de predicción de proteínas desordenadas intrínsecamente. El esquema de optimización requiere calcular solo cinco características para cada residuo de una secuencia de proteínas, es decir, la entropía de Shannon, la entropía topológica y los valores promedio ponderados de dos propensiones. Cabe destacar que esta es la primera vez que se aplica la entropía difusa al campo de la secuenciación de proteínas. Además, utilizamos tres aprendizajes automáticos para examinar los resultados de predicción antes y después de la optimización. Los resultados muestran que el uso de la entropía difusa conduce a una mejora en el rendimiento de diferentes algoritmos, demostrando la generalidad de su aplicación. Finalmente, comparamos los resultados de simulación de nuestro esquema con los de algunos esquemas existentes para demostrar su efectividad.