La energía eólica es un componente fundamental de un sistema de energía limpia. La eficiencia de un sistema de energía eólica evoluciona a través de interacciones coordinadas. Estas interacciones ocurren entre tres subsistemas regionales: subsistema de recursos, subsistema de tecnología y subsistema económico. Para revelar los mecanismos operativos de sus subsistemas internos, este estudio analiza la eficiencia integral del sistema de energía eólica en China desde 2010 hasta 2022. Se emplean en combinación el modelo EBM de dos etapas, el modelo de regresión Tobit y el modelo de red neuronal feedforward. Los resultados muestran que: (1) La eficiencia integral del sistema de energía eólica ha mejorado gradualmente, pero presenta variaciones espaciotemporales debido a la coordinación desigual de los subsistemas. (2) La mejora de la eficiencia se caracteriza por etapas. La optimización de los subsistemas tecnológicos impulsa la etapa de desarrollo, mientras que la escalabilidad económica domina la etapa de operación (aunque las tecnologías de operación y mantenimiento siguen siendo deficientes). (3) La correlación entre las etapas de desarrollo y operación es subóptima, y la coordinación de los subsistemas sigue siendo débil. (4) La innovación tecnológica y la demanda de electricidad impulsan la eficiencia integral, mientras que los recursos humanos la obstaculizan. El clima extremo ejerce un efecto tanto contribuyente como interferente en el sistema. (5) Las proyecciones futuras muestran un crecimiento continuo de la eficiencia. El estudio concluye con estrategias de coordinación entre sistemas para mejorar la contribución de la energía eólica en la energía limpia.