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Predicción de la velocidad de traducción de ribosomas punto a punto con redes neuronales recurrentes

Autores: Bongini, Pietro; Pancino, Niccolò; Lachi, Veronica; Graziani, Caterina; Giacomini, Giorgia; Andreini, Paolo; Bianchini, Monica

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2024

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Acceso abierto

Artículo científico
2024

Predicción de la velocidad de traducción de ribosomas punto a punto con redes neuronales recurrentes


Categoría

Matemáticas

Subcategoría

Matemáticas generales

Palabras clave

Organismo
Comunidad científica
Metabólico
Datos genéticos
Velocidad de traducción
Ribosomas

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 30

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
es un organismo de referencia, que ha sido estudiado en profundidad por la comunidad científica durante décadas, obteniendo una vasta cantidad de datos metabólicos y genéticos. Entre estos datos, se encuentran estimaciones de la velocidad de traducción de los ribosomas a lo largo de su genoma. Estas estimaciones se basan en perfiles de Ribo-Seq, donde la abundancia de un fragmento particular de ARNm en un perfil indica que fue muestreado muchas veces dentro de una célula. Varios datos de perfiles de Ribo-Seq están disponibles para , sin embargo, no siempre muestran un alto grado de correspondencia, lo que significa que pueden variar significativamente en diferentes configuraciones experimentales, caracterizándose por una baja reproducibilidad. De hecho, dentro de los perfiles de Ribo-Seq, la velocidad de traducción para algunas secuencias es más fácil de estimar, mientras que para otras, se evidencia una distribución desigual de consenso entre las diferentes estimaciones. Nuestro objetivo es desarrollar un método de inteligencia artificial que pueda ser entrenado en un pequeño grupo de secuencias altamente reproducibles para establecer su tasa de traducción, la cual luego se puede aprovechar para calcular una estimación más fiable de la velocidad de traducción en el resto del genoma.

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