Las Islas Canarias lideran la producción de plátanos en la UE. Diferentes patógenos fúngicos afectan este cultivo en áreas subtropicales, siendo f. sp. subtropical raza 4 (-STR4) el más importante en las Islas Canarias. Con el objetivo de desarrollar técnicas ambientalmente sostenibles para el control de enfermedades, este estudio presenta los resultados de la evaluación de la capacidad antifúngica de una colección nativa (12 especies, 109 aislados) obtenida de suelos de plátano. Los resultados demuestran la diversidad de genes de biocontrol y el potencial antagonista in vitro de diferentes especies/aislados nativos contra dos cepas -STR4 obtenidas de plantas con síntomas de la enfermedad de Panamá. (TF18), una especie dominante en los suelos de plátano en las Islas Canarias, mostró una alta capacidad para inhibir el crecimiento de -STR4 en diferentes ensayos in vitro. (TF01) mostró capacidad de micoparasitismo a través de la bobina en espiral alrededor de las hifas del patógeno. Además, el análisis del genoma de (TF03) mostró 69 posibles agrupaciones de genes biosintéticos, con la notable presencia del gen de tricoteceno. Finalmente, nuestro trabajo demuestra que los suelos de los cultivos de plátano en las Islas Canarias son una fuente potencial de agentes de control biológico adaptados ambientalmente para controlar o reducir la incidencia de -STR4.