Las interacciones alelopáticas son comunes en todos los hábitats acuáticos, entre todos los grupos de productores de biomasa primaria acuática, incluidas las cianobacterias. Las cianobacterias son productoras de potentes toxinas llamadas cianotoxinas, cuyos roles biológicos y ecológicos, incluida su influencia alelopática, aún se comprenden de manera incompleta. Se estableció el potencial alelopático de las cianotoxinas microcistina-LR (MC-LR) y cilindrospermopsina (CYL) sobre las algas verdes. Se detectaron efectos inhibitorios dependientes del tiempo sobre el crecimiento y la motilidad de las algas verdes expuestas a cianotoxinas. También se observaron cambios en su morfología (forma celular, granulaciones del citoplasma y pérdida de flagelos). Se encontró que las cianotoxinas MC-LR y CYL afectan la fotosíntesis en diferentes grados en las algas verdes, afectando parámetros de fluorescencia de clorofila como la actividad fotocanímica máxima (F/F) del fotosistema II (PSII), el apagamiento no fotocanímico de la fluorescencia de clorofila (NPQ) y el rendimiento cuántico de la disipación de energía no regulada Y(NO) en PSII. En el contexto del cambio climático en curso y las expectativas asociadas de un aumento en la frecuencia de floraciones de cianobacterias y la liberación de cianotoxinas, nuestros resultados demostraron el posible papel alelopático de las cianotoxinas sobre los autotrofos competidores en las comunidades de fitoplancton.